Københavns historie begynder først med biskop Absalon, som vist 1186 skænkede det ham af kongen cirka 1167 givne jordegods til Roskilde bispestol. Han lagde dermed grunden til, ganske imod sin hensigt, en kamp mellem kronen og kirken om byen, idet det ikke varede længe, inden de danske konger fik øje for vigtigheden af dette punkt og søgte at vinde byen tilbage til kronen. I disse bestræbelser fandt de stadig medhold hos byens borgere, der med misfornøjelse så byerne under kronen nyde en del friheder og få en kommunal selvstændighed, som deres gejstlige herre ikke ville indrømme dem.
Forholdet mellem borgerne og bispen blev fastsat ved den første københavnske stadsret af 1254. Særlig fra 1247, da Erik Plovpenning for en stund havde bemægtiget sig byen og borgen, førtes kampen mellem kronen og de stridbare Roskilde-bisper af hvide-ætten med stor hidsighed. Under disse uroligheder så lübeckerne 1248 deres snit til at overfalde, plyndre og brænde byen, som de betragtede som en farlig rival til handelen i Østersøen.
Støttede kongerne sig til borgerne, fandt bispen 1259 hjælp hos sin vasal, fyrst Jærmer af Rügen, og fik ham til at drage til København, der kort forinden på ny var kommet i kongens magt, og erobre den.
1294 udbrød et oprør i byen, hemmelig støttet af kongen, da borgerne i København var misfornøjede med, at de ikke kunne få lov til at slutte sig sammen i gilder til gensidig hjælp og beskyttelse og til deres nærings udvikling og opkomst.
1328 kom grev Johan den Milde i besiddelse af København, 1340 overlod Roskilde-bispen Jens Nyborg borgen og byen mod pant i andet gods til Valdemar Atterdag, der atter pantsatte den, men 1343 indløste pantet. 1350 overdrog den ny Roskilde-bisp, Henrik Gertsen, borg og by for sin livstid til kongen, på grund af dennes fortjeneste ved at uddrive kirken, kleresiet og folket af fjendens trældom.
Ved bispens død 1368 skulle København være faldet tilbage til bispestolen; men 2. maj samme år kom hansestæderne med en stor flåde, nedrev borgen, plyndrede, brændte og ødelagde byen i bund og grund. Ved Valdemar Atterdags død 1375 kom København efter 47 års forløb tilbage til Bispestolen. Men efter biskop Peder Jensen Lodehats død 1416 satte Erik af Pommern sig i besiddelse af København og hævdede den trods biskoppens indsigelse. Kongen indstævnede sagen for ærkebispen i LUnd og rigets råd, men biskoppen ville ikke møde, da han forudså, at rigsrådet ville stå på, at København var uundværlig for riget. Kronen blev således i besiddelse af byen, men sagen rejstes atter og atter, og spørgsmålet blev først bragt ud af verden ved reformationens indførelse.
28. oktober 1422 udstedte Erik af Pommern sine privilegier for København, som fra nu af udviklede sig til at blive rigets midtpunkt - hertil bidrog især, at den fra nu af blev station for rigets flåde - og senere hen regeringens sæde.
1427 og 1428 forsøgte lübeckerne atter at gøre det af med den frygtede rival ved sundet, men de blev afvist og led et stort nederlag. Fra Christoffer af Bayern kan man betragte København som rigets residens, idet hans bryllup fandt sted her 1445, og Københavns Slot således blev kongefamiliens hjemsted. Dette blev endnu mere fastslået, da Christian 1. blev kronet i København (28. oktober 1449), en højtidelighed, som fra nu af fandt sted i København for alle valgkongernes vedkommende, ligesom også flere af tronfølgerne blev hyldede i København, hvor også »herredagene« sammenkaldtes.
Fra 10. juni 1523 til 6. januar 1524, da byen overgav sig, blev København belejret af Frederik 1. og hans feltherre Johan Rantzau. 1526 begyndte den lutherske lære at få fast fod i København, og dermed indlededes den urolige tid og den store strid mellem den ny læres tilhængere og katolikkerne, Poul Helgesens, Klaus Mortensens og Hans Tausens optræden, forfølgelserne af munken og billedstormen i Frue Kirke (27. december 1530), processen mod Hans Tausen på rådhuset (14. juli 1533) og endelig - efter Frederik 2.s død - forsøget på at holde København for den fangne konge, som et stort parti ønskede tilbage, i hvilke forhåbninger det lod sig føre bag lyset af lübeckerne. 16. juli 1534 åbnede byen sine porte for grev Christoffer af Oldenburg, og 18. juli 1535 begyndte Christian 3. den lange og hårdnakkede belejring, der bragte så utrolige lidelser over København og endte med dens overgivelse 28. juli 1536. 12. august samme år fængsledes de tilstedeværende biskopper, og 30. oktober afskaffedes katolicismen ved et »bursprog« på Gammel Torv.
I den følgende lange periode, i hvilken byen København ikke direkte berørtes af krig, led den meget af stadig opdukkende pestagtige sygdomme; mellem disse glædede befolkningen sig ved de mange pragtfulde kroninger og andre kongelige festligheder, som især under Frederik 2. og Christian 4. fulgte slag i slag. 1658 trak atter mørke skyer op. 15. februar stod Karl 10. Gustaf uden for byen, og den blev kun reddet fra en belejrning og dens ulykker ved Roskilde-freden 28. februar. Men det var kun en galgenfrist, og 11. august 1658 stod svenskekongen på nyh uden for byen og belejrede den til fredsslutningen 27. maj 1660. Ved at afslå svenskernes hovedangreb på byen natten mellem 10. og 11. februar reddede Københavns borgere ikke blot deres by, men deres land. 10. august 1658 havde kongen givet København store privilegier (stadfæstede 24. juni 1661) for at opflamme dens befolkning til tapper modstand.
I efteråret 1660 trådte en rigsdag sammen i København for at drøfte, hvad der skulle gøres til det ødelagte riges opkomst. Adelens mangel på vilje til at bringe ofre under den fælles nød bragte gejstlighed og borgere, der havde reddet riget, til at slutte sig sammen, og 8. oktober samlede Hans Nansen borgemestere og råd, mens biskop Svane samlede gejstligheden, for at drøfte tanken om det arvelige kongedømme. Lørdag den 13. måtte adelen bøje sig, og 18. oktober 1660 foregik den højtidelige arvehyldning på Slotspladsen, hvorved arve- og enevoldsmagten indførtes i Danmark.
21. juli 1700 fra aften til klokken 3 den følgende morgen blev København bombarderet af en forenet hollandsk-svensk-engelsk flåde og atter (særlig Christianshavn) 25. og 27. juli, dog uden at synderlig skade skete. 1711 fra cirka midt i juni til februar 1712 hjemsøgtes byen af den store pest, der bortrev 1/3 af Københavns samlede indbyggerantal (omtrent 23.000 mennesker). Og 20. oktober 1728 udbrød den store ildebrand, der varede til lørdag den 23. aften og lagde 2/5 af byen i aske. 26. februar 1794 nedbrændte Christiansborg Slot, og dets tomt og ruiner afgav de følgende år boliger for en mængde mennesker, der blev husvilde ved Københavns anden store ildebrand, der rasede 5. - 7. juni 1795 og atter ødelagde en betydelig del af byen. 2. april 1801 var Københavns borgere vidner til kampen på Reden, under hvilken byen intet led. Men ved bombardementet 2. - 5. september 1807 gik atter en del af byen op i luer, idet branden varede til 10. september. Marts 1848 fandt de store bevægelser sted i København i anledning af oprøret i hertugdømmerne. 5. juni 1849 underskrev Frederik 7. grundloven på Christiansborg Slot. 1870-90 faldt de gamle volde, og 1884 påbegyndtes Københavns ny befæstning.
